Líneas de Investigación:
– Control neuroendocrino de la reproducción en peces
– Cronobiología de peces
– Osmorregulación en peces teleósteos: aspectos básicos y aplicados
– Interrelación entre osmorregulación y metabolismo energético: aplicación a los procesos de crecimiento
– Estrés en especies de interés en acuicultura
– Efectos de contaminantes sobre sistema osmorregulador
– Efectos de probióticos sobre procesos de crecimiento, resistencia a estrés y estimulación del sistema inmunológico
– Neuroanatomía funcional de peces
– Fisiología ambiental de peces
– Fisiología del desarrollo de peces

Proyectos y convenios investigación y agroalimentación:
Titulo del proyecto: Influencia del ciclo de luz, temperatura y alimentación en el desarrollo del sistema circadiano: implicaciones en el establecimiento de ritmos de actividad alimentaria y reproducción en peces de acuicultura. Entidad financiadora: MEC AGL2007-66507-C02-01/ACU.
Duración, 2007-2010
Resp: José Antonio Muñoz Cueto
Título del proyecto: El desarrollo temprano como cuello de botella en la acuicultura de nuevas especies: ontogenia del sistema circadiano en peces. Entidad financiadora: Consejería de Innovación, Ciencia y Empresa. Junta de Andalucía. Ref. Proyectos de Excelencia. P06-AGR-01939.
Duración, 2007-2010
Resp: José Antonio Muñoz Cueto
Título del proyecto: Ritmos de reproducción en el lenguado: papel del órgano pineal y la melatonina como transductores de los ciclos ambientales diarios, lunares y estacionales. Entidad financiadora: MCYT AGL2004-07984-C02-02/ACU.
Duración, 2004-2007
Resp: José Antonio Muñoz Cueto
Título del proyecto: Mechanisms Underlying Coping Strategies and Welfare In Farmed Salmon, Sea Bass and Sea Bream. Convocatoria FP7-KBBE-2010-4. Unión Europea.
Duración, 2010. En revisión.
Resp: José Antonio Muñoz Cueto 

10 Publicaciones más relevantes:
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Master y Doctorado:
1. Máster “Acuicultura y Pesca: Recursos Marinos y Sostenibilidad”. Programa Oficial de Posgrado Medio Marino: Ciencias y Desarrollo Sostenible. Universidad de Cádiz.

2. AquaTNET, Thematic Network for Aquaculture, Fisheries and Aquatic Resource Management. Entidad financiadora: Unión Europea. Dirección General de Educación y Cultura. Ref. 22599-CP-1-2005-1-BE-ERASMUS-BN. Periodo: 2006-2008. Coordinador: Prof. Patrick Sorgeloos. Investigador principal UCA: José Antonio Muñoz Cueto

3. Red Temática de Docencia en Piscicultura Marina. Entidad financiadora: Agencia Española de Cooperación Internacional (AECI, Programa Redes Temáticas 00538 PCI E.Al/2002-2005). Periodo: 2003-2005. Coordinador: Francesc Castelló Orvay /Mª Luisa González de Canales García

4. Red AECI-PCI Formación de Profesores y Técnicos en Piscicultura Marina. Entidad financiadora: Ministerio de Asuntos Exteriores y de Cooperación. Agencia Española de Cooperación Internacional. AECI-PCI B/7843/07. Periodo: 2007-2008. Investigador principal: Francesc Castelló Orvay/Luis Franco Cabrera/Jose Antonio Muñoz Cueto

5. Red AECI-PCI Formación De Profesores y Técnicos en Piscicultura Marina. Entidad financiadora: Ministerio de Asuntos Exteriores y de Cooperación. Agencia Española de Cooperación Internacional. AECI-PCI B/018415/08. Periodo: 2009- 2010. Investigador principal: Francesc Castelló Orvay/Alfonso Silva Arancibia/Juan Miguel Mancera

Equipos y técnicas instrumentales avanzadas de las que dispone el grupo:

Líneas Estratégicas:
– “Desarrollo de la acuicultura marina como alternativa a la pesca en la provisión de alimentos de origen marino”.

– “Protección del medio ambiente en clave agroalimentaria: estudio de los efectos de contaminantes y pesticidas de uso común en el sector agrícola sobre los organismos vivos”.

Líneas temáticas:
– Biodiversidad y Medio Ambiente
– Biología Integrativa
– Mejora, Producción,Nutrición y Sanidad Animal

– Biología Integrativa